La ciudad de Saraqusta luchó por independizarse de Córdoba y fue reprimido sistemáticamente este afán separatista, hasta que lo consiguió Abderramán III, en el año 937. A partir de ese momento, el califa estableció un férreo control militar en todo el califato, que mantuvieron sus sucesores. Este ambiente autoritario creó cada vez mayor descontento en todas las provincias, hasta que el califa Hisham II es obligado a abdicar tras la Revolución Cordobesa. Aunque esta revolución es muy interesante, no podemos ocuparnos de ella en este artículo. Simplemente indicaremos que, entre 1009 y 1031, se sucedieron nueve califas diferentes.
En este clima de guerra e inestabilidad, el califato empezó a ver cómo algunas ciudades se independizaban de Córdoba, siendo las primeras Almería y Badajoz. Mientras tanto, en Saraqusta buscaban el momento propicio, encontrando aliados cercanos, para crear un gran reino independiente. De este modo, en el año 1018, Mundir I se independizó formalmente del califato, sin que Córdoba pudiera hacer ya nada por evitarlo. Los límites de este nuevo reino llegaban, por el Oeste, hasta Medinaceli, Soria, Calahorra y Tudela y, por el Este, hasta Valencia. Con Mundir I se inicia en la taifa de Saraqusta el reinado de la dinastía Tuyibí.
A partir del año 1009, el poder del califato cordobés se desintegra, apareciendo diferentes reinos de taifas.
El primer rey, Mundir I se empeñó convertir Saraqusta en una gran corte. Por ello, amplió la mezquita de la ciudad, construyó nuevas termas y nombró consejeros a poetas de prestigio. Su reinado supuso un fortalecimiento del poder de Saraqusta frente a sus vecinos, tanto musulmanes como cristianos. El lujo y el derroche de su corte, que residía en un palacio del que hoy conservamos el Torreón de La Zuda, fue conocido en todo Occidente, pero también en Oriente. En Egipto se han encontrado referencias a las fiestas que se celebraban a orillas del Ebro, mientras los músicos tocaban desde barcas en el río. Saraqusta era llamada Medina Albaida (Ciudad Blanca) porque parece ser que era el color predominante en sus construcciones y murallas, lo que impresionaba a los viajeros que se acercaban a ella. Pronto se convirtió en objeto de leyendas entre los musulmanes. En Siria, por ejemplo, se comentaba que un hombre santo había escondido una reliquia sagrada bajo la mezquita y que esto protegía a la ciudad de serpientes y otras alimañas, que morían al traspasar sus muros.
¿De dónde le venía a Zaragoza esta fama en el Mediterráneo? Ya en tiempos del califato, Saraqusta controlaba una próspera flota comercial que salía al mar por el Ebro, manteniendo relación con las ciudades más importantes. También realizaba incursiones de saqueo para la obtención de esclavos, algo de lo que nos ocuparemos en otro episodio. Como curiosidad, la palabra esclavo se empezó a utilizar en esta ciudad, evolucionando del vocablo eslavo, ya que muchos miembros de este pueblo sufrieron las incursiones de las tropas de Saraqusta en la época. El comercio de esclavos proporcionó al reino una gran riqueza y prosperidad, que pronto sería envidiada por los vecinos.
En 1036, el emir Abd Allah ibn Hakam cae víctima de una conspiración patrocinada por el rey de Lleida, Sulaymán ben Hud, que instalaría en Saraqusta una nueva dinastía: los Banu Hud (Hudíes). Con los Hudíes, Saraqusta llegará a su máximo esplendor político y cultural. Sulaymán consolidó el control de Saraqusta sometiendo Tudela, Lleida y Huesca, además de algunos territorios de la actual provincia de Guadalajara y extendiéndose hasta Denia.
Bajo la dinastía de los Hudíes, el reino de Saraqusta alcanzó su máxima expansión territorial.
Los mayores problemas del joven reino los provocaba el Reino de Aragón. Saraqusta se alió con Castilla, que le ayudó varias veces contra su enemigo aragonés. Sancho II El Fuerte en persona acompañó a Al-Muqtadir a derrotar a los aragoneses en 1063 en el sitio de Graus, donde murió Ramiro I de Aragón. En esa batalla, del lado castellano, luchó el joven caballero Rodrigo Díaz de Vivar, que empezaba a ser conocido y respetado entre los musulmanes zaragozanos.
El prestigio de Saraqusta era creciente entre los demás reinos musulmanes. Por eso, el gobernador de Valencia, Abu Bakr, se hizo vasallo de Saraqusta en 1075. Al-Muqtadir consiguió que la corte de Saraqusta fuese conocida por su esplendor cultural y artístico. Mandó construir un palacio, La Aljafería, donde trasladó su corte. Lo convirtió así en un importante centro cultural, donde acudían intelectuales de todo el mundo musulmán. En él coincidían músicos, historiadores, poetas, místicos y filósofos. Gracias a estos, se introdujo la filosofía de Aristóteles en el Islam. Un importante impulsor de esta labor desarrollada en La Aljafería fue Avempace.
Los enfrentamientos entre Sancho Ramírez y Al-Muqtadir fueron constantes y Saraqusta perdió plazas como Alquézar, en beneficio de los aragoneses. Saraqusta se vio obligada a pagar tributo a Castilla, que le ayudaba en sus guerras contra Aragón. El sucesor de Al-Muqtadir, Al-Mutamán (1081-1085), contrataría al mercenario castellano Rodrigo Díaz de Vivar, que empezó a ser conocido en Saraqusta como “Cid” (Señor), en los años en que estuvo al servicio de la taifa (1081-1086).
A pesar de las frecuentes guerras tanto contra Aragón como contra Castilla, Al-Mutamán continuó la labor cultural de su padre, llamando a La Aljafería a los más sabios del islam. El propio Al-Mutamán fue astrónomo y filósofo, cuyas teorías se adelantaron a matemáticos posteriores.
A finales del siglo XI, La Aljafería era uno de los centros de cultura más importantes de todo el Islam.
A la muerte de Al-Mutamán, le sucederá su hijo Al-Mustaín II, que sufrió el avance de los aragoneses por tierras del Cinca y la presión de Castilla por el Oeste. La ayuda de los almorávides en 1086, hizo a Alfonso VI de Castilla retirar el cerco de la ciudad e impidió que Saraqusta cayese en poder de los castellanos. La situación se agravó con los enfrentamientos entre las diferentes taifas.
En 1090, los almorávides unificaron las taifas, sometiéndolas al poder de Marrakech y destituyeron a todos los reyes de taifas excepto a Al-Mustaín, que mantuvo Saraqusta como reino independiente, situación que acabaría en el 1110, año en que es incorporada al imperio almorávide.
A pesar de la inestabilidad política de Al-Andalus y del integrismo religioso de los almorávides, Saraqusta seguía siendo un centro de libertad y cultura. En la ciudad se refugiaban poetas y filósofos que huían del integrismo almorávide, pero también intelectuales heterodoxos provenientes de los reinos cristianos.
Saraqusta era conquistada por Alfonso I El Batallador en 1118. Por fortuna para la Humanidad, no solo respetó las bibliotecas de la ciudad sino que mandó que todas sus obras fuesen traducidas. Gracias a ello, toda la sabiduría acumulada en ellas pasó al Occidente cristiano. Una de las grandes aportaciones de esta transmisión cultural fue la traducción de los textos de Aristóteles, algo que supondría una auténtica revolución en el pensamiento occidental.